| «Авангард» Курск Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 3 | 4 | -1 | 3 | 50.0 |
| «Автодор» Владикавказ Россия | 25 | 9 | 6 | 10 | 29 | 31 | -2 | 33 | 44.0 |
| «Автозапчасть» Баксан Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 4 | -3 | 3 | 50.0 |
| «Академия им. В.Понедельника» Ростов-на-Дону Россия | 4 | 3 | 0 | 1 | 9 | 4 | 5 | 9 | 75.0 |
| «Алания» Владикавказ Россия | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 3 | -2 | 0 | 0.0 |
| «Алания-2» Владикавказ Россия | 5 | 1 | 1 | 3 | 6 | 13 | -7 | 4 | 26.7 |
| «Алания-Д» Владикавказ Россия | 7 | 2 | 1 | 4 | 9 | 13 | -4 | 7 | 33.3 |
| «Анапа» Анапа Россия | 16 | 4 | 5 | 7 | 15 | 24 | -9 | 17 | 35.4 |
| «Ангушт» Назрань Россия | 31 | 13 | 8 | 10 | 44 | 35 | 9 | 47 | 50.5 |
| «Анжи» Махачкала Россия | 8 | 3 | 0 | 5 | 10 | 19 | -9 | 9 | 37.5 |
| «Анжи-2» Махачкала Россия | 4 | 4 | 0 | 0 | 6 | 1 | 5 | 12 | 100.0 |
| «Анжи-Бекенез» Махачкала Россия | 4 | 2 | 1 | 1 | 6 | 3 | 3 | 7 | 58.3 |
| «АПК» Морозовск Россия | 4 | 2 | 0 | 2 | 5 | 6 | -1 | 6 | 50.0 |
| «Армавир» Армавир Россия | 24 | 8 | 4 | 12 | 28 | 36 | -8 | 28 | 38.9 |
| «Армавир» Армавир Армения | 2 | 1 | 0 | 1 | 4 | 1 | 3 | 3 | 50.0 |
| «Астратекс» Астрахань Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 3 | 1 | 2 | 3 | 50.0 |
| «Астрахань» Астрахань Россия | 32 | 14 | 9 | 9 | 44 | 33 | 11 | 51 | 53.1 |
| «Атоммаш» Волгодонск Россия | 4 | 2 | 1 | 1 | 2 | 2 | 0 | 7 | 58.3 |
| «Афипс» Афипский Россия | 8 | 1 | 2 | 5 | 5 | 11 | -6 | 5 | 20.8 |
| «Ахмат» Грозный Россия | 6 | 1 | 2 | 3 | 7 | 11 | -4 | 5 | 27.8 |
| «Ахмат-2» Грозный Россия | 6 | 2 | 2 | 2 | 7 | 5 | 2 | 8 | 44.4 |
| «Батайск-2007» Батайск Россия | 8 | 2 | 1 | 5 | 6 | 11 | -5 | 7 | 29.2 |
| «Бештау» Лермонтов Россия | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | 1 | 2 | 4 | 66.7 |
| «Биолог-Новокубанск» Прогресс Россия | 27 | 12 | 8 | 7 | 33 | 29 | 4 | 44 | 54.3 |
| «Вайнах» Шали Россия | 4 | 3 | 1 | 0 | 11 | 1 | 10 | 10 | 83.3 |
| «Венец» Гулькевичи Россия | 8 | 5 | 2 | 1 | 14 | 8 | 6 | 17 | 70.8 |
| «Витязь» Крымск Россия | 14 | 5 | 5 | 4 | 16 | 12 | 4 | 20 | 47.6 |
| «Волгарь» Астрахань Россия | 14 | 3 | 2 | 9 | 6 | 27 | -21 | 11 | 26.2 |
| «Волгарь-Астрахань» Астрахань Россия | 2 | 0 | 2 | 0 | 2 | 2 | 0 | 2 | 33.3 |
| «Гигант» Грозный Россия | 2 | 0 | 1 | 1 | 0 | 2 | -2 | 1 | 16.7 |
| «Дагдизель» Каспийск Россия | 16 | 4 | 4 | 8 | 15 | 16 | -1 | 16 | 33.3 |
| «Дербент» Дербент Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 | 2 | 0 | 3 | 50.0 |
| «Динамо» Гагра Грузия | 2 | 2 | 0 | 0 | 4 | 2 | 2 | 6 | 100.0 |
| «Динамо» Махачкала Россия | 6 | 0 | 1 | 5 | 5 | 16 | -11 | 1 | 5.6 |
| «Динамо» Москва Россия | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 6 | -6 | 0 | 0.0 |
| «Динамо» Ставрополь Россия | 27 | 8 | 2 | 17 | 24 | 45 | -21 | 26 | 32.1 |
| «Динамо-Дагестан-Судостроитель» Махачкала Россия | 13 | 4 | 0 | 9 | 12 | 33 | -21 | 12 | 30.8 |
| «Дружба» Будённовск Россия | 4 | 0 | 4 | 0 | 4 | 4 | 0 | 4 | 33.3 |
| «Дружба» Майкоп Россия | 48 | 16 | 11 | 21 | 53 | 61 | -8 | 59 | 41.0 |
| «Ессентуки» Ессентуки Россия | 6 | 3 | 2 | 1 | 8 | 5 | 3 | 11 | 61.1 |
| «Жемчужина» Будённовск Россия | 7 | 3 | 1 | 3 | 7 | 7 | 0 | 10 | 47.6 |
| «Жемчужина» Сочи Россия | 8 | 3 | 1 | 4 | 8 | 9 | -1 | 10 | 41.7 |
| «Жемчужина-Сочи» Сочи Россия | 4 | 0 | 1 | 3 | 2 | 10 | -8 | 1 | 8.3 |
| «Звезда» Городище Россия | 4 | 1 | 2 | 1 | 5 | 5 | 0 | 5 | 41.7 |
| «Интер» Черкесск Россия | 4 | 2 | 0 | 2 | 7 | 6 | 1 | 6 | 50.0 |
| «Иристон» Владикавказ Россия | 2 | 2 | 0 | 0 | 3 | 1 | 2 | 6 | 100.0 |
| «Искра» Энгельс Россия | 1 | 1 | 0 | 0 | 3 | 1 | 2 | 3 | 100.0 |
| «Кавказкабель» Прохладный Россия | 14 | 5 | 4 | 5 | 18 | 17 | 1 | 19 | 45.2 |
| «Колос» Краснодар Россия | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 6 | -5 | 1 | 16.7 |
| «Краснодар» Краснодар Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 2 | -1 | 3 | 50.0 |
| «Краснодар-2» Краснодар Россия | 8 | 4 | 0 | 4 | 13 | 15 | -2 | 12 | 50.0 |
| «Краснодар-2000» Краснодар Россия | 20 | 6 | 5 | 9 | 23 | 32 | -9 | 23 | 38.3 |
| «Краснодар-3» Краснодар Россия | 5 | 4 | 0 | 1 | 13 | 8 | 5 | 12 | 80.0 |
| «Крылья Советов» Самара Россия | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 4 | -3 | 0 | 0.0 |
| «Кубань» Бараниковский Россия | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 3 | -2 | 1 | 16.7 |
| «Кубань» Краснодар Россия | 6 | 2 | 0 | 4 | 7 | 10 | -3 | 6 | 33.3 |
| «Кубань» Краснодар Россия | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 4 | -4 | 0 | 0.0 |
| «Кубань» Тимашевск СССР | 2 | 2 | 0 | 0 | 3 | 1 | 2 | 6 | 100.0 |
| «Кубань Холдинг» Павловская Россия | 8 | 4 | 1 | 3 | 12 | 16 | -4 | 13 | 54.2 |
| «Кубань-2» Краснодар Россия | 4 | 3 | 0 | 1 | 4 | 2 | 2 | 9 | 75.0 |
| «Легион» Махачкала Россия | 14 | 1 | 10 | 3 | 11 | 17 | -6 | 13 | 31.0 |
| «Локомотив» Минеральные Воды Россия | 8 | 3 | 3 | 2 | 9 | 5 | 4 | 12 | 50.0 |
| «Лори» Ванадзор Армения | 2 | 0 | 1 | 1 | 3 | 5 | -2 | 1 | 16.7 |
| «Машук-КМВ» Пятигорск Россия | 43 | 14 | 7 | 22 | 41 | 56 | -15 | 49 | 38.0 |
| «Металлург» Старый Оскол Россия | 2 | 1 | 1 | 0 | 5 | 1 | 4 | 4 | 66.7 |
| «МИТОС» Новочеркасск Россия | 12 | 3 | 3 | 6 | 14 | 22 | -8 | 12 | 33.3 |
| «Моздок» Моздок Россия | 6 | 4 | 1 | 1 | 5 | 1 | 4 | 13 | 72.2 |
| «Нарт» Нарткала Россия | 6 | 4 | 0 | 2 | 11 | 3 | 8 | 12 | 66.7 |
| «Нарт» Черкесск Россия | 4 | 2 | 0 | 2 | 4 | 5 | -1 | 6 | 50.0 |
| «Немком» Краснодар Россия | 2 | 0 | 1 | 1 | 3 | 4 | -1 | 1 | 16.7 |
| «Нива» Славянск-на-Кубани Россия | 4 | 0 | 3 | 1 | 2 | 3 | -1 | 3 | 25.0 |
| «Ника» Красный Сулин Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 4 | 1 | 3 | 3 | 50.0 |
| «Олимп» Кисловодск Россия | 2 | 2 | 0 | 0 | 3 | 0 | 3 | 6 | 100.0 |
| «Олимпия» Волгоград Россия | 14 | 5 | 2 | 7 | 18 | 18 | 0 | 17 | 40.5 |
| «Олимпия» Геленджик Россия | 2 | 1 | 1 | 0 | 2 | 1 | 1 | 4 | 66.7 |
| «Орёл» Орёл Россия | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | -2 | 0 | 0.0 |
| «Оренбург» Оренбург Россия | 1 | 0 | 0 | 1 | 1 | 3 | -2 | 0 | 0.0 |
| «Прометей» Ереван СССР | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 5 | -4 | 3 | 50.0 |
| «Ростов-2» Ростов-на-Дону Россия | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | 1 | 2 | 4 | 66.7 |
| «Ротор» Волгоград Россия | 9 | 3 | 2 | 4 | 10 | 15 | -5 | 11 | 40.7 |
| «Ротор» Волгоград Россия | 6 | 2 | 0 | 4 | 5 | 11 | -6 | 6 | 33.3 |
| «Ротор» Волгоград Россия | 5 | 1 | 0 | 4 | 5 | 9 | -4 | 3 | 20.0 |
| «Ротор-2» Волгоград Россия | 5 | 4 | 0 | 1 | 12 | 3 | 9 | 12 | 80.0 |
| «Рубин» Казань Россия | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 | -1 | 0 | 0.0 |
| «Салют Белгород» Белгород Россия | 2 | 0 | 1 | 1 | 2 | 3 | -1 | 1 | 16.7 |
| «СКА» Ростов-на-Дону Россия | 19 | 5 | 5 | 9 | 22 | 28 | -6 | 20 | 35.1 |
| «СКА» Ростов-на-Дону Россия | 20 | 6 | 3 | 11 | 19 | 31 | -12 | 21 | 35.0 |
| «Славянск» Славянск-на-Кубани Россия | 10 | 4 | 4 | 2 | 14 | 9 | 5 | 16 | 53.3 |
| «Славянский» Славянск-на-Кубани Россия | 4 | 1 | 2 | 1 | 8 | 10 | -2 | 5 | 41.7 |
| «Сокол» Саратов Россия | 1 | 1 | 0 | 0 | 6 | 2 | 4 | 3 | 100.0 |
| «Сочи» Сочи Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 | 3 | -1 | 3 | 50.0 |
| «Сочи-04» Сочи Россия | 6 | 4 | 2 | 0 | 12 | 5 | 7 | 14 | 77.8 |
| «Спартак» Нальчик Россия | 22 | 7 | 5 | 10 | 27 | 38 | -11 | 26 | 39.4 |
| «Спартак-Владикавказ» Владикавказ Россия | 15 | 5 | 3 | 7 | 18 | 20 | -2 | 18 | 40.0 |
| «Спитак» Спитак Армения | 2 | 1 | 0 | 1 | 4 | 4 | 0 | 3 | 50.0 |
| «Ставрополь» Ставрополь Россия | 2 | 0 | 0 | 2 | 1 | 5 | -4 | 0 | 0.0 |
| «СтавропольАгроСоюз» Невинномысск Россия | 1 | 1 | 0 | 0 | 4 | 2 | 2 | 3 | 100.0 |
| «Старт» Ейск Россия | 2 | 1 | 1 | 0 | 3 | 1 | 2 | 4 | 66.7 |
| «СШ Черноморец» Новороссийск Россия | 2 | 1 | 1 | 0 | 4 | 2 | 2 | 4 | 66.7 |
| «Таганрог» Таганрог Россия | 18 | 8 | 6 | 4 | 28 | 20 | 8 | 30 | 55.6 |
| «Текстильщик» Камышин Россия | 8 | 6 | 1 | 1 | 15 | 2 | 13 | 19 | 79.2 |
| «Торпедо» Адлер Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 | 3 | -1 | 3 | 50.0 |
| «Торпедо» Таганрог Россия | 6 | 2 | 1 | 3 | 9 | 7 | 2 | 7 | 38.9 |
| «Туапсе» Туапсе Россия | 4 | 3 | 0 | 1 | 16 | 5 | 11 | 9 | 75.0 |
| «Уралан» Элиста Россия | 8 | 3 | 2 | 3 | 12 | 14 | -2 | 11 | 45.8 |
| «ФАЮР» Беслан Россия | 4 | 2 | 2 | 0 | 6 | 2 | 4 | 8 | 66.7 |
| «Форте» Таганрог Россия | 6 | 2 | 2 | 2 | 7 | 10 | -3 | 8 | 44.4 |
| «Химик» Белореченск Россия | 8 | 2 | 1 | 5 | 8 | 10 | -2 | 7 | 29.2 |
| «Химик» Семилуки СССР | 2 | 0 | 0 | 2 | 0 | 2 | -2 | 0 | 0.0 |
| «Чайка» Песчанокопское Россия | 10 | 0 | 2 | 8 | 2 | 27 | -25 | 2 | 6.7 |
| «Черноморец» Новороссийск Россия | 30 | 3 | 6 | 21 | 18 | 69 | -51 | 15 | 16.7 |
| «Шахтёр» Шахты Россия | 12 | 5 | 3 | 4 | 15 | 11 | 4 | 18 | 50.0 |
| «Шерстяник» Невинномысск Россия | 2 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 3 | 50.0 |
| «Ширак» Гюмри Армения | 2 | 1 | 0 | 1 | 2 | 1 | 1 | 3 | 50.0 |
| «Энергия» Волжский Россия | 17 | 5 | 4 | 8 | 22 | 23 | -1 | 19 | 37.3 |
| «Эрзу» Грозный Россия | 2 | 0 | 1 | 1 | 1 | 4 | -3 | 1 | 16.7 |